Die Realschule Heessen wurde am 13. April 1961 als Realschule für Jungen und Mädchen der Gemeinde Heessen gegründet und startete zunächst mit 71 Schülerinnen und Schülern in zwei Klassen. Der Unterricht fand anfangs im Gebäude einer Volksschule statt, bevor die Schule 1964 in ein neues Gebäude an der Jahnstraße umzog.
Die Schule bekam später den Namen „Friedrich-Ebert-Realschule“. Da es in Hamm bereits eine Friedrich-Ebert-Realschule gab, wurde sie nach der Eingemeindung nach Hamm 1975 in „Realschule Heessen“ umbenannt.
Der erste Schulleiter war Heinrich Klimke, der die Schule von 1961 bis 1989 leitete. Nach ihm übernahm Johannes Böhnlein von 1989 bis 1998 die Schulleitung. Anschließend führte Hildegard Brorhilker die Schule von 1998 bis 2008. Vom Schuljahr 2008/2009 bis 2017/2018 war Gabriele Kemker Schulleiterin. Seit 2019 wird die Realschule Heessen von Jörg Westhoff geleitet.
Im Laufe ihrer Geschichte entwickelte sich die Schule stetig weiter, unter anderem durch pädagogische Neuausrichtungen wie die Inklusion ab 1993 und das Gemeinsame Lernen ab 2012, bauliche Erweiterungen wie die Mensa 2014/2015 und neue Unterrichtsangebote, wie Sportwissenschaften als Wahlpflichtkurs (2024).